1984年6月，成立综合档案室，为科级建制。岳洪瑞担任综合档案室副主任、主任。

1988年11月，梁宇恒担任综合档案室主任。

1993年7月，随学院整体北迁至凌河校区机关楼三楼，改善了办公环境和库房条件，实现了办公、库房、阅档“三室分开”。

1997年10月，李佩芬担任综合档案室主任。

1998年，引进大连海事大学单机版档案管理软件，档案工作开始实行计算机管理。

2002年1月，被认定为“国家二级档案管理先进单位”。

2003年2月，被评为“锦州市档案工作先进集体”。李佩芬、王桂燕获“锦州市档案工作先进个人”荣誉称号。

2003年4月，被评为“辽宁省高等学校档案管理先进单位”。李佩芬获“辽宁省高等学校档案管理先进个人”荣誉称号。

2004年12月，学校接收辽宁省邮电技工学校，综合档案室接收原邮电技工学校部分档案（含基建档案和部分职工档案）。

2005年3月，《锦州医学院年鉴》获辽宁省档案学会工作成果一等奖；金丹撰写的论文《浅谈“事由原则”在现实档案工作中的意义》获辽宁省档案学会优秀论文二等奖。

2005年3月，学校开始实行双轨制归档，即纸质文件和电子文件各一套，同时归档。

2005年12月，编研成果《锦州医学院硕士研究生学位论文选编》获得辽宁省档案资源开发利用成果三等奖。

2006年3月，学校档案信息网站正式开通运行，网站开辟全宗介绍、规章制度、工作动态、业务指导、成果展示等几大板块，为指导工作、促进交流提供更为广阔的平台。

2006年6月，引进南京大学“南大之星”网络版档案管理软件，并建立档案管理数据库，开始实行学校档案网络化管理。

2006年12月，综合档案室迁至学校新建图书馆一楼，库房面积增至600余平方米。

2007年1月，学校合并辽宁省畜牧兽医学校后进行资源整合，综合档案室接收原锦州畜牧兽医学校全部档案。

2007年3月，首次开展兼职档案员档案网络管理业务培训，全面实行部门立卷，网上归档。

2007年4月，被评为辽宁省高等学校档案工作先进学校。李佩芬被评为辽宁省高等学校档案工作先进个人。

2008年2月，李佩芬被评为“锦州市档案工作先进个人”。

2008年12月，王桂燕被评为“辽宁省高等学校档案工作先进个人”。

2009年12月，孙靖靖担任综合档案室主任。

2010年9月，学校财务档案整体移交综合档案室管理，实现档案资源的进一步整合。

2010年10月，顺利通过辽宁省高等学校档案工作考核评估。

2011年1月，增设人事档案库房，全面接收组织人事档案；建立健全组织人事档案管理制度，规范了人事档案的归档、管理、借阅流程。

2011年10月，被评为“辽宁省高等学校档案工作先进学校”。孙靖靖获“辽宁省高等学校档案工作先进个人”荣誉称号。

2012年12月，被评为“辽宁省卫生厅直属单位档案工作优秀集体”。金丹获“辽宁省优秀档案工作者”荣誉称号。

2013年5月，学校成立档案馆，为副处级建制，孙靖靖同志担任档案馆馆长。

2014年4月，学校召开全校档案工作会议，暨兼职档案员业务培训会，首次开展全校档案工作优秀单位及个人的评选和表彰工作。

2014年4月，学校下发关于《辽宁医学院文件材料立卷归档办法》的通知，规范归档流程，实现文件管理标准化。

2014年4月，辽宁省教育厅、省档案局对全省高等学校档案工作进行监督检查，进一步推进我校档案管理规范化、科学化水平提升。

2015年4月，对学校档案工作优秀单位和优秀兼职档案员进行表彰；16个部门获“优秀单位”，16名兼职档案员被评为“优秀兼职档案员”。

2016年1月，制定《锦州医科大学重大活动档案管理实施细则》，加强重大活动档案的完整收集、安全管理和有效利用，为我校珍藏和积累详实的重要资料。

2016年2月，被评为“锦州市档案系统先进集体”。

2016年6月，《现代信息检索技术在高校档案管理工作中的应用探索》被辽宁省档案局评为优秀科技成果三等奖；

2016年9月，印发《锦州医科大学年鉴编纂工作办法》，规范年鉴编纂工作。

2017年9月，学校印发《锦州医科大学档案管理办法》，明确档案管理职责分工、操作规程、保管利用及安全保障等全生命周期管理内容。为学校档案资源的收集、整理、归档与开发利用提供了系统性的制度遵循。

2017年12月，赵一、金丹撰写的论文《信息化背景下高校教学档案工作的创新路径》被辽宁省档案学会评为优秀学术论文三等奖；

2017年12月，孙靖靖获“辽宁省档案系统高级人才”荣誉称号，金丹、冯瑜获“辽宁省档案系统中青年业务骨干”荣誉称号。

2018年4月，学校印发《锦州医科大学人事档案管理规定》，明确人事档案的收集、整理、保管、利用、转递等关键环节的具体操作规范、责任分工及管理要求，进一步规范学校人事档案管理工作，标志着学校人事档案管理工作进入标准化运行新阶段。

2018年8月，《大数据时代高校档案馆和图书馆信息服务比较研究——基于档案馆的视角》被辽宁省档案局评为优秀科技成果二等奖。

2019年1月，学校印发《锦州医科大学管理岗位设置与换届聘用实施方案》，档案馆由党政办公室划归图书馆，人员、职能不变。

2020年11月，孙靖靖入选辽宁省档案专家库专家。

2021年4月，档案馆组织召开干部人事档案业务专题培训会，人事处全体人员参会。会议聚焦干部人事档案管理规范、收集归档、审核把关要点等核心业务，系统讲解干部人事档案工作的政策要求、操作流程及常见问题处置方法，进一步规范干部人事档案管理、提升工作人员业务素养与实操能力。

2021年6月，档案馆王桂燕荣获由国家档案局、中央档案馆联合颁发的“从事档案工作三十年”荣誉证书，该荣誉是对其长期深耕档案事业、坚守岗位履职的充分肯定。

2021年6月，档案馆特别制作《锦州医大记忆》微视频，为建党百年献礼。该作品入选辽宁省档案局庆祝中国共产党成立100周年微视频展播，充分展现了档案的文化魅力，提升师生的档案意识，营造良好的档案宣传氛围。

2021年10月，辽宁铁道职业技术学院党政办公室一行4人赴我校档案馆参观学习。双方围绕档案工作部门归属、各部门及兼职档案员积极性调动、档案软件应用、设施设备配备等核心业务内容，开展深入细致的经验交流与探讨，为双方进一步规范档案管理、提升管理工作质量提供了有益借鉴。

2021年11月，学校印发《锦州医科大学2021年干部换届工作实施方案》，档案馆由图书馆划归党政办公室，职能不变。

2025年6月，学校成立档案管理中心，为直属正处级教辅机构。